在Ubuntu中，overlay文件系統通常用于容器技術，特別是在docker中。它通過將多個文件系統層次結構組合成一個單一的視圖，來實現文件的覆蓋和修改，而不會影響到底層文件系統。然而，當使用overlay文件系統時，可能會遇到沖突，例如文件系統層次的沖突或權限問題。以下是一些解決沖突的方法：

1. 升級內核：如果遇到由內核Overlay模塊bug引起的沖突，可以嘗試升級內核到較新的版本，或者應用相關的內核補丁來修復bug。

2. 使用虛擬環境：在虛擬環境中編譯和安裝軟件可以幫助避免系統級別的沖突。Ubuntu提供了deadsnakes PPA，可以輕松地安裝和使用不同版本的Python和其他編程語言。

3. 手動解決依賴關系沖突：如果自動解決方案無法解決問題，可能需要手動編輯Makefile或CMakeLists.txt文件，以更改依賴項的版本或順序。在某些情況下，可能需要下載并安裝特定版本的庫或頭文件，并將其添加到系統的庫路徑中。

4. 檢查系統支持：確保系統支持Overlay文件系統。通常，內核版本3.18及以上的Linux系統都內置支持。可以通過加載模塊來檢查系統支持情況：

sudo modprobe overlay 

5. 使用最新的Ubuntu版本：建議使用較新版本的Ubuntu發行版(如20.04或更新)，因為它們可能包含了最新的Overlay文件系統修復和改進。

請注意，具體的解決方案可能會根據沖突的類型和具體情況有所不同。如果需要更詳細的指導，建議查閱相關的技術文檔或社區論壇。